Algunos de los financiadores públicos más destacados de la Fundació Clínic son:
la Agencia Española de Cooperación Internacional, la Generalitat de Catalunya, a través de la Agencia Catalana para la Cooperación al Desarrollo, el Departament d’Universitats Recerca i Societat de la Informació (DURSI), el Ministerio de Sanidad y Consumo, a través del Instituto de Salud Carlos III mediante el Fondo de Investigaciones Sanitarias (FIS), el Ministerio de Ciencia y Tecnología, a través del Plan Nacional de I+D, la Comisión Europea y la European Developing Countries Clinical Trial Partnership (EDCTP).
Entre los financiadores de origen privado destaca la Bill and Melinda Gates Foundation, la Fundación del BBVA, la Fundació La Caixa, y la Fundación Africa Viva.